La storia ruota intorno a quattro abitanti della Terra, gli studenti Makoto Mizuhara, Katsuhiko Jinnai e Nanami Jinnai, e l'insegnante di storia Masamichi Fujisawa, misteriosamente trasportati nel fantastico mondo di El Hazard, in cui è in atto una terribile guerra che vede schierate le nazioni umane da un lato, e dall'altro le tribù di esseri simili ad insetti chiamati Bugrom.