Serie composta da due OAV che si ambientano dopo le vicende raccontate nella serie principale. La storia è ambientata in un lontano futuro in cui la razza umana (o meglio, L’alleanza Galattica Umana) è impegnata a combattere contro dei minacciosi esseri chiamati Hideauze. Durante uno degli scontri il giovane Tenente Ledo viene abbattuto assieme alla sua arma umanoide Chamber e finisce in una distorsione spazio-temporale. Svegliatosi da uno stato di ibernazione si ritrova sulla Terra ai confini della galassia, un pianeta ormai largamente coperto dalle acque in cui la popolazione vive su gigantesche navi pescando le proprie risorse dai fondali. In un mondo a lui del tutto sconosciuto, Ledo finisce per abitare sulla nave Gargantia assieme alla quindicenne Amy lì impegnata come messaggera. Per Ledo, cresciuto solo a pane e battaglie, un mondo pacifico come quello sarà una sorpresa continua…